1897년 남태평양(The South Pacific Ocean). 15년전 어느날, 한 무인도에 두 어린이가 남파된 적이 있었다. 소년과 소녀는 그 잃어버린 낙원에서 같이 자라면서 남자와 여자로 순수하고 자연스러운 삶을 겪었고 머지않아 아기를 낳았다. 그러나 비극적인 사고로 인해 그들은 섬에서 멀리 바다로 떠내려가게 되었다. 며칠 표류한 끝에 그들은 자신들과 아기의 생명이 다한 것으로 믿었다. 그러나 지나가던 배가 다가왔다.
  목사의 젊은 미망인인 사라 하그레이브는 한살박이 딸 릴리를 데리고 타히티에서 샌프란시스코를 향해 항해하던중, 우연히 부닥친 난파선에서 숨진 부모 옆에 기적적으로 살아남은 2살의 남자 아이를 발견하게 된다. 사라는 이 아이를 리챠드라 부르며 아들처럼 보살피는데, 배에 콜레라가 전염되어 살아남기 위해서 조각배를 타고 셋만의 외로운 항해를 시작한다.
  아사 직전 배가 도착한 곳은, 바로 리챠드가 부모와 셋이 살던 아름다운 섬, 그러나 허물어져가는 지푸라기 집한채 외에는 아무것도 없는 무인도가 아들이 살아가야 하는 곳이다. 생활력이 강한 사라는 두 아이에게 문명인으로 알아야 할 것을 가르치며 구조될 날만을 꿈꾸지만, 폐렴으로 죽고만다. 외딴섬에서 둘만남은 리챠드와 릴리는 오빠와 여동생처럼 서로 의지하며 지낸다. 그러나, 성장하면서 신체의 변화를 느끼는 사춘기의 이들은 성에 대해 눈뜨게 되고 갈등을 겪게 됨과 동시에 서로에 대한 애정을 확인하게 되는데.
  [스포일러] 그러던 어느날, 영국에서 온 배 한척이 섬에 닻을 내리고 이들과 접하게 되어 문명세계를 모르던 릴리와 리챠드는 큰 충격을 받는다. 선장의 딸인 실비아는 리챠드의 강인한 모습에 매료되어 그를 유혹하려 애쓰는 한편, 릴리의 청순미를 촌스러움으로 비웃는다. 실비아의 방해로 이들은 잠시 어색한 사이가 되지만, 릴리의 진주를 빼앗고 겁탈하려던 선원과의 격투를 계기로 리챠드와 릴리는 문명세계보다는 자신의 섬이 가장 행복한 곳이며, 서로 깊이 사랑하고 있음을 깨닫게 된다. 결국, 이들은 태어날 아기와 함께 섬에 남기로 하고 배는 떠난다.